Uzroka neplodnosti je jako puno, ali su neki češći od drugih, tako da će o njima biti najviše riječi u tekstovima na ovoj stranici. Problem koji dovodi do neplodnosti je u oko 50% slučajeva kod žene, a u oko 50% slučajeva u muškarca, iako postoje i preklapanja pa imamo tzv. udruženi faktor neplodnosti, te idiopatsku (neobjašnjenu) neplodnost, kod koje sadašnjim metodama ne možemo naći razlog neplodnosti.
Najčešći poznati uzroci neplodnosti kod žena su slijedeći: anovulacija, oštećeni jajovodi, smanjena ovarijska rezerva, endometrioza, kasna reprodukcijska dob, amenoreja te prirođene anomalije reprodukcijskog trakta. Kod muškarca uzrok neplodnosti je poremećaj broja, pokretljivosti i morfologije spermija, čiji se uzroci utvrđuju urološkom obradom.