Tako se nazivaju trudnoće koje završe vrlo rano, prije nego ih je moguće vidjeti na ultrazvuku (što je najranije nakon 5 tjedana i 3 dana od prvog dana zadnje menstruacije). Da je trudnoća postojala znamo po pozitivnim vrijednosti beta HCG-a (hormona trudnoće), bilo iz krvi ili iz urina. Međutim, unutar nekoliko dana od pozitivnog nalaza dolazi do krvarenja  i trudnoća propada.

Smatra se da biokemijske trudnoće nastanu kada embrij odumre odmah nakon stvaranja, a prije implantacije. Vrlo su česte, i gotovo 50-60% svih trudnoća završava kao biokemijska trudnoća. Donedavno, dok u široku upotrebu nisu ušle urinske trakice za utvrđivanje trudnoće, žene nisu bile niti svjesne da su imale biokemijsku trudnoću, nego bi mislile da im je menstruacija zakasnila. Biokemijska trudnoća najčešće nema simptoma, jer se simptomi trudnoće jave tek oko šestog tjedna trudnoće. Međutim, žene koje su već bile trudne mogu osjećati osjetljivost dojki, jutarnju mučninu i umor.

Najčešći uzroci biokemijskih trudnoća su:

• Kromosomske abnormalnosti, koje su i inače najčešći uzrok pobačaja. Jajna stanica ili spermij koji ju oplodi nose kromosomsku grešku zbog koje se embrij ne može razvijati te propada
• Anomalije maternice – prirođene (pregrada maternice, dvostruka maternica i sl) ili stečene (miomi) anomalije maternice mogu dovesti do toga da se embrij pokuša implantirati u nepogodan dio maternice, zbog čega trudnoća propada
• Manjak (insuficijencija) hormona – neke žene imaju manjkavu drugu, lutealnu fazu ciklusa, zbog čega je premalo hormona da održe trudnoću

Menstruacija nakon biokemijske trudnoće može biti obilnija i s ugrušcima, te jačim bolovima nego inače.

Za žene koje pokušavaju zanijeti i koje su u postupcima potpomognute oplodnje, pozitivan test na trudnoću je cilj, pa će se kod njih najčešće i detektirati biokemijske trudnoće. Ukoliko je beta HCG učinjen dva dana nakon prvog dvostruko manji, sa velikom sigurnošću riječ je o biokemijskog trudnoći. Terapija (odnosno kiretaža) najčešće nije potrebna, jer s menstruacijom odlaze i svi tragovi trudnoće. Međutim, uputno je nakon biokemijske trudnoće posjetiti ginekologa i učiniti ultrazvuk.

Velika većina žena koje imaju biokemijsku trudnoću će kasnije roditi živo terminsko dijete, tako da je u nekom smislu, koliko god bila razočaranje, biokemijska trudnoća ipak dobar znak za parove koji žele zanijeti.